Η πόλη της Αμαθούντας αναπτύχθηκε σε 2 επίπεδα, την κάτω και την άνω πόλη (Ακρόπολη). Η ακρόπολη της Αμαθούντας, που είναι κτισμένη πάνω σε ένα λόφο ανατολικά της Λεμεσού, λειτουργούσε ως φυσικό οχυρό και ταυτόχρονα ως παρατηρητήριο.
Όταν η ακρόπολη εγκαταλείφθηκε στα τέλη του 7ου αιώνα, η ζωή συγκεντρώθηκε πλέον στην κάτω πόλη και έγινε μία από τις σημαντικότερες πόλεις-βασίλεια της αρχαίας Κύπρου.
Ανασκαφές έφεραν στο φως το σύμπλεγμα της Ρωμαϊκής αγοράς με τις στοές, τα λουτρά και άλλα παρακείμενα κτίρια, τέσσερις βασιλικές, το ιερό της Αφροδίτης, ένα υδραγωγείο και το λιμάνι που σήμερα βρίσκεται κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας. Έξω από τα τείχη βρίσκονται η ανατολική και η δυτική νεκρόπολη.
Στην είσοδο του Ιερού της Αφροδίτης δέσποζαν δύο μονολιθικά πιθάρια μισοβυθισμένα στη γη, τόσο μεγάλα που ξεχώριζαν από πολύ μακριά. Το ένα σώζεται σήμερα στον χώρο σε κομμάτια. Το δεύτερο βρίσκεται στο Μουσείο του Λούβρου.